En el 2004, se puso a consideración de la Comisión Intersectorial de Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario una propuesta operativa y la metodología para llevar a cabo el proceso de formulación del PNA.

Desde abril de 2004 se invitó a las organizaciones no gubernamentales agrupadas en la Coordinación Colombia-Europa -Estados Unidos y en la Alianza de Organizaciones Sociales y afines a hacer sus comentarios sobre la iniciativa, invitación que fue reiterada por el Vicepresidente de la República en junio de 2004.

A partir de noviembre de 2004 y hasta el mes de mayo de 2005 se realizaron once reuniones con representantes de estas organizaciones, a las cuales se sumó la Plataforma Colombiana de Derechos Humanos, Democracia y Desarrollo (Plataforma DESC), para definir los mecanismos y procedimientos de su participación en el proceso, con el acompañamiento de la Oficina del Alto Comisionado de las Naciones Unidas para los Derechos Humanos.

A finales de 2005 se reanudaron las reuniones con las tres plataformas mencionadas y se amplió la interlocución a otras organizaciones de la sociedad civil que hacen parte del Consenso de Londres / Cartagena, con el fin de enriquecer la discusión sobre los mecanismos de concertación más adecuados y los contenidos temáticos que se someterán a consulta y concertación.

El 26 de septiembre de 2006, el Vicepresidente de la República instala la Instancia de Coordinación para el PNA, que tiene por objeto “promover y procurar las garantías necesarias para el desarrollo del proceso de concertación entre el Estado y amplios sectores de la sociedad civil conducente a la adopción de un Plan Nacional de Acción en Derechos Humanos y Derecho Internacional Humanitario. En ese sentido, animará la deliberación y definirá la metodología que hagan posible ese propósito”. En ella participan instituciones de gobierno y de Estado así como de la sociedad civil. La Instancia está conformada por delegados de gobierno, organismos de investigación y/o de control, por las organizaciones del Consenso Londres- Cartagena, ONGs internacionales y 16 representantes de sectores sociales, con el acompañamiento de la OACNUDH, las embajadas de Suecia y España y de PNUD que ejerce la Secretaría Técnica. La instancia de Coordinación concertó, elaboró y adoptó un reglamento interno.