La política se ha configurado alrededor de cuatro ejes estratégicos, cada uno de los cuales contiene una serie de proyectos dirigidos a solucionar una problemática específica y a atender el cumplimiento de los objetivos de la Política relacionados.

El primero de ellos, “Desarrollo institucional y organizacional”, busca dinamizar el Sistema de Justicia Penal y el Sistema de Control Disciplinario para garantizar el avance efectivo de los procesos de investigación y sanción a través de la incorporación de innovaciones en materia de información, coordinación institucional y provisión de herramientas de protección, que garanticen la autonomía de los operadores judiciales. Este eje se encuentra compuesto por nueve (9) proyectos.

Un segundo eje estratégico de la política, “Gestión de recursos, especialmente desarrollo de los recursos humanos”, tiene como objetivo la identificación de necesidades que tanto el Sistema de Justicia Penal como el de Control Disciplinario tienen de recursos físicos, financieros y principalmente humanos. Está conformado por cinco (5) proyectos.

El tercer eje, “Atención a víctimas y testigos”, busca promover el acceso de las víctimas y testigos de casos por violaciones a los DDHH e infracciones al DIH en los procesos de investigación, juzgamiento, sanción y reparación, a través del desarrollo de prácticas y condiciones, que permitan el reconocimiento de las víctimas y testigos, y faciliten su participación en los procesos judiciales. Por otra parte, involucra a las víctimas en su proceso de reparación y contribuye a la restauración del tejido social como presupuesto fundamental para evitar el fenómeno de la re-victimización. Este eje se desarrolla a través de dos (2) proyectos.

El cuarto eje “Condiciones operativas específicas para la investigación, juzgamiento y la sanción”, se concentra en el desarrollo de procesos y prácticas operativas concretas para la investigación y sanción de violaciones a los DDHH e infracciones al DIH. Así mismo, busca asegurar el cumplimiento de la programación de diligencias y actividades de investigación y sanción, garantizar la ejecución oportuna de las órdenes de captura por delitos relacionados con violaciones a los DDHH e infracciones al DIH, proporcionar garantías de seguridad y condiciones de movilidad suficientes a comisiones de investigación, y asegurar servicios oportunos de defensa técnica para los presuntos responsables de violaciones de DDHH e infracciones al DIH en incapacidad económica o social para proveérsela. Contiene ocho (8) proyectos.